2 cuentas en un mismo pc.

Hola, Michel, 

Respecto a tu primera pregunta, si no tienes Dropbox para empresas, por ahora no puedes utilizar más de una cuenta de Dropbox por usuario en un mismo ordenador, por lo que cada vez que vincules una nueva cuenta, esta indexará y sincronizará todos tus archivos de nuevo. 

Si necesitas acceso a dos carpetas de Dropbox diferentes en el mismo ordenador, la mejor opción es crear otra cuenta de usuario dentro de tu sistema operativo para la segunda cuenta de Dropbox. Sin embargo, tendrías que cerrar sesión en una cuenta de usuario e iniciar sesión en la otra para cambiar de cuenta de Dropbox. Es posible que esta opción no se ajuste a tus necesidades.

Otra opción sería vincular una cuenta de Dropbox a tu ordenador y acceder a otras cuentas solo desde el sitio web.

Y para terminar, respondiendo a tu última pregunta, la característica para sincronizar solo las carpetas que necesites en un equipo, sin necesitas de borrarlas de tu cuenta de Dropbox, se llama Sincronización Selectiva y puedes encontrar más información acerca de ella aquí:

https://www.dropbox.com/help/175

Espero que esto te ayude.