私も同じような現象になり困っていましたが、解決しましたのでご報告致します。
基本設定→アカウント→リンク中のアカウント→『この Dropbox のリンクを解除...』をクリックします。
※Dropbox上、ローカル共にファイルが消えてしまうようなことはありません。
新しいウィンドウで『このコンピュータと Dropbox のリンクを解除しますか?』と聞いてきますので
OKをクリックします。
そうしますとDropboxが再起動してきます。
ログイン画面が表示されましたらログインして頂き、
『おめでとうございます!』というウィンドウになりましたら、
下の方にある『詳細設定』をクリックします。
Dropboxの保存先を聞いてきますので、
プルダウンメニューから『その他...』を選択します。
フォルダーの参照ウィンドウが開きますので、
以前使用されていたフォルダを指定します。
この際注意するのは直接Dropboxフォルダを指定しないことです。
例:(以前使っていたフォルダが "D:\etc\Dropbox" だった場合)
Dドライブのetcフォルダを指定する。※Dropboxの一つ前のフォルダを指定します
もしDropboxフォルダを指定して「OK」してしまった場合以下の注意メッセージが表示されます。
『選択したパスの末尾は Dropbox のため、Dropbox に 「~\Dropbox\Dropbox」という名前のフォルダが作成されます。』
その場合は Cancel をクリックして選択をやり直しましょう。
選択後プルダウンメニューが
D:\etc\Dropbox
となっていれば大丈夫です。
きちんと選択されているかどうかの確認としましては、
選択型同期の『設定を変更...』をクリックしてDropbox内のフォルダが表示されていることを確認しましょう。
あとはフォルダ毎の同期、非同期が必要なら選択して『更新』、変更の必要がないなら『キャンセル』をクリックします。
最後に『自分の Dropbox を開く』をクリックしてスタートガイドを完了させれば
インデックス作成と同期が始まり、完了すれば以前の状態に戻ります。
問題がなければ、Cドライブに作成されてしまったフォルダは削除されても大丈夫です。
以上です。お力になれれば良いのですが。