@muimui さん、こんにちは!
Dropboxデスクトップアプリをインストールいただきますと、ログインしたアカウントに対して1つDropboxフォルダが作成され、dropbox.com に保管されているファイルデータと同期されます。
そのため、パソコン側に複数のDropboxフォルダが保管されている場合、Dropboxデスクトップアプリを通して複数のアカウントにログインされているとお見受けします。
なお、Dropboxデスクトップアプリからログインして同期できるアカウントは1つだけとなりますので、複数のアカウントへ同時にログインして各Dropboxフォルダが同期されることはございません。
Naoto
Community Moderator @ Dropbox
https://dropbox.com/support
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