Olá, Marcelo!
Você já tentou os recursos de Sincronização seletiva e SmartSync? Com eles você pode escolher quais diretórios sincronizar. Entretanto, atente para o fato de que os arquivos que estão na nuvem também consomem espaço no seu Dropbox, apenas não ocupam espaço no seu HD.
No link abaixo tem mais detalhes sobre estes recursos:
https://www.dropbox.com/pt_BR/help/syncing-uploads/selective-sync-overviewEspero ter ajudado!