Passo a passo:
1 - Abra https://www.dropbox.com/home
2 - Vá na pasta do arquivo que quer remover
3 - Marque a caixa ao lado esquerdo do arquivo para selecioná-lo
4 - Vá no menu à direita em "..." e clique em "excluir"
5 - Faça upload do novo arquivo.