Olá, Eveline!
Me parece que os recursos que você procura são a Sincronização seletiva e SmartSync. Com eles você pode escolher quais diretórios sincronizar. Entretanto, atente para o fato de que os arquivos que estão na nuvem também consomem espaço no seu Dropbox, apenas não ocupam espaço no seu HD.
No link abaixo tem mais detalhes sobre estes recursos:
https://www.dropbox.com/pt_BR/help/syncing-uploads/selective-sync-overview
Espero ter ajudado!
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