Buenas tardes @MARBULUB,
En principio, para sincronizar los archivos, tienen que estar dentro de la carpeta "Dropbox". Así que, si tienes instalado Dropbox en "D" y los archivos importantes los tienes en "E", no estarán sincronizados. Hay varias opciones, pero una para que no tengas los archivos duplicados (y ocupando el doble de espacio) es guardarlos en la carpeta "Dropbox" instalado en "D" y luego crear accesos directos de los archivos. Si resulta que en "D" no tienes casi espacio y en "E" si, puedes instalar Dropbox en E y almacenar los archivos dentro de Dropbox.
Después de todo este rollo que te he soltado, espero haberte solucionado algo.
Un saludo,
Pastor.