Alejandra,
Es posible que las carpetas a las que te refieres fueron agregadas como "accesos directos" a tu carpeta de Dropbox. Un archivo de "acceso directo" solo agrega un vinculo a la copia local en tu computadora desde la carpeta de Dropbox pero no agrega el archivo a nuestros servidores. En este caso la recomendacion es que si tienes archivos en tu Dropbox que sean accesos directos (tienen terminacion .lnk) tienes que ir a la ubicacion correspondiente en tu computadora y copiar o mover esos archivos a tu carpeta de Dropbox.
Dropbox nunca va a sincronizar los archivos a los que un acceso directo apunta, solo el archivo que representa el acceso directo puesto que los archivos en si no se encuentran dentro de la carpeta de Dropbox.
Puedes leer mas sobre accesos directos aqui:
http://es.wikipedia.org/wiki/Acceso_directo
http://windows.microsoft.com/es-es/windows/create-delete-shortcut#1TC=windows-7
