En la cuenta Dropbox Basic (que imagino que será la que tendrás), hay un Historial de Versiones para recuperar cualquier archivo que hayas borrado, en los 30 días siguientes a esa acción. Simplemente ve a "Archivos eliminados" en la interfaz web, y desde allí podrás ver las carpetas que hayas borrado, si así es el caso. Le das a "Recuperar archivos" y problema resuelto.