Hola, Lourdes,
Es posible que vuelvan a aparecer archivos y carpetas si uno o varios de los ordenadores sincronizados siguen accediendo a las carpetas. Si los eliminas, una aplicación en otro ordenador los recrea para seguir trabajando en ellos.
Para resolver este problema, elimina el archivo o carpeta de la carpeta de Dropbox en el ordenador que ha recreado el archivo. Si quieres comprobar qué ordenador ha vuelto a añadir el archivo, accede al sitio web y comprueba las versiones anteriores del mismo.
Para ver las instrucciones sobre cómo comprobar el historial de versiones del archivo, accede aquí:
https://www.dropbox.com/help/11
Ten en cuenta que solo se puede ver la versión anterior de un archivo, no de una carpeta. Si alguna carpeta vuelve a aparecer, tendrás que abrirla e identificar un archivo para comprobar la versión anterior de este.
Espero que esto te ayude.